سال‌ ها از ورود فاضلاب‌ های صنعتی و خانگی، سموم کشاورزی، پسماند ها و رشد گیاهان مهاجم به تالاب انزلی می‌گذرد. تصرف اراضی و ساخت‌ و ساز در حریم تالاب و آتش زدن نیزارها برای تصرف و انتقال آلودگی از دریا و کاهش میزان آب موجود، حیات تالاب و زیست‌ بوم پرندگان را به خطر انداخته است. با وجود همه این مشکلات، هنوز این تالاب متولی مشخص و معینی ندارد تا معضلات را با مدیریتی واحد برطرف کند و بدتر از آن، برخی دستگاه‌ ها بودجه ۱۴ میلیاردی تالاب را در سال‌های گذشته به خزانه برگشت داده‌اند. این گزارش، معضلات تالاب انزلی و مشکلات پیش رو برای برطرف کردن نقاط ضعف تالاب را بررسی می‌ کند.