دومین قسمت از مستند «بعد از خمینی» با عنوان «آخرین ماموریت» و با اشاره به ناگفته‌هایی از عزل قائم مقام رهبری، این مستند به بیان سوابق آیت‌الله منتظری و اتفاقاتی که منجر به عزل وی شد، پرداخته است.