از میان شش مسجد موجود مسجدی نیز اختصاص به علی بن ابیطالب دارد. برخی از محققان برآنند مسجدی که اکنون به نام ابوبکر شهرت دارد همان مسجد علی است. کما اینکه مسجدیکه به نام مسجد علی شناخته می شود مسجد ابوبکر است.