جدای از مسجد شجره که میقات است و جدای از مسجد الشجره که در داخل شهر مکه قرار دارد، مسجدی دیگر با همین نام در منطقه حدیبیه در نزدیکی مکه بوده است. می دانیم که رسول خدا (ص) در سال ششم هجرت برای انجام عمره به مکه آمد، اما مشرکان مانع شدند و آن حضرت برای این که با آنها درگیر نشود، راه را به طرف غرب کج کرد و در حدیبیه که در مسیر قدیمی جده واقع است، توقف کرد و سپس نماینده ای به مکه فرستاد و پس از آن که این نماینده باز نگشت، در زیر درختی با اصحاب خود بیعت کرد تا در برابر دشمن بایستند. این بیعت را به نام بیعت رضوان و بیعت شجره می شناسند. با بازگشت نماینده رسول خدا (ص) جنگ منتفی شد و پس از آن صلح حدیبیه به امضا رسید .